『名探偵コナン』の魅力と本筋
『名探偵コナン』は、 高校生探偵・工藤新一が 謎の薬を飲まされ、 小学1年生の姿「江戸川コナン」となり、 難事件を解決していく物語です。
日常の事件解決（1話完結）と並行し、 彼を小さくした 「黒ずくめの組織」 の謎を追い、 元の姿に戻るための解毒剤を 探すというのが、 この物語の壮大な「本筋」です。
今回は、 この本筋に関わる主要人物と、 絶対に押さえておきたい 重要なストーリー（原作漫画）を 時系列でご紹介します。
物語の核心に関わる主要人物
主人公サイドと協力者
江戸川 コナン（工藤 新一）
本作の主人公。 高校生探偵・工藤新一が、 黒ずくめの組織の取引を目撃し、 開発中の毒薬「APTX4869」を 飲まされて幼児化。 正体を隠し「江戸川コナン」として 組織の情報を追う。
灰原 哀（宮野 志保）
元・黒ずくめの組織の一員。 コードネームは「シェリー」。 APTX4869の開発者だったが、 姉を組織に殺され、 自殺するために薬を飲んで幼児化。 コナンと共に解毒剤を研究する 重要なパートナー。
赤井 秀一（あかい しゅういち）
安室 透（あむろ とおる） / 降谷 零（ふるや れい）
黒ずくめの組織
ジン / ウォッカ
新一に薬を飲ませた張本人（ジン）と、 その部下（ウォッカ）。 組織の幹部であり、 冷酷非道に任務を遂行する。 コナン（新一）の宿敵。
ベルモット
組織の幹部。 変装の達人で、 なぜか年を取らない謎多き美女。 ボスの「あの方」のお気に入り。 コナンと蘭を 「シルバーブレット」「エンジェル」 と呼び、 何かを期待しているような 複雑な動きを見せる。
ラム
組織のNo.2。 ボスの側近であり、 その正体は長らく謎に包まれていた。 （※後に脇田兼則と判明）
あの方（烏丸 蓮耶）
黒ずくめの組織の頂点に立つボス。 その正体は、 半世紀前に謎の死を遂げたとされる 大富豪「烏丸 蓮耶」であることが 示唆されている。
物語の始まりと序盤の重要エピソード
File.1：ジェットコースター殺人事件
【コミックス 1巻 File.1】
工藤新一が黒ずくめの組織（ジン、ウォッカ） の取引現場を目撃。 APTX4869を飲まされ、 「江戸川コナン」が誕生する、 すべての始まりの事件。
File.2：黒の組織から来た女
【コミックス 18巻 File.6 ～ 19巻 File.1】
灰原哀（宮野志保）が転校生として登場。 彼女が組織の元メンバー「シェリー」で あること、 薬の開発者であること、 コナンと同じく幼児化したことが判明。 物語の本筋が大きく動き出す。
黒ずくめの組織との攻防（中盤）
File.3：黒の組織との再会
【コミックス 24巻 File.7 ～ File.11】
灰原が組織の幹部「ピスコ」に拉致される。 コナンは灰原を救出するも、 ピスコはジンによって口封じのために 殺害される。 この事件で、 ジンは「シェリー（灰原）が幼児化した」 可能性に気づき始める。
File.4：謎めいた乗客
【コミックス 29巻 File.3 ～ File.5】
バスジャック事件。 後の重要人物であるFBI捜査官 ジョディ・スターリングと 赤井秀一が初登場。 また、 彼らと似た雰囲気を持つ 新出先生（中身はベルモット）も 登場し、 FBIと組織の対立が示唆される。
File.5：黒の組織との接触（満月の夜の二元ミステリー）
【コミックス 37巻 File.8 ～ 38巻 File.1】
ベルモット編のクライマックス。 ベルモットが「シェリー（灰原）殺害」 を実行に移す。 コナン、FBI（赤井、ジョディ）、 そしてベルモットの三つ巴の対決。 ここで赤井秀一が 「FBI捜査官」であることが 確定する。
FBI・公安・CIAとの共闘と謎
File.6：ブラックインパクト！組織の手が届く瞬間
【コミックス 48巻 File.9 ～ 49巻 File.2】
組織が暗殺計画を実行。 コナンとFBIがそれを阻止しようとする。 この事件で、 CIAの諜報員・水無怜奈（キール）が 組織に潜入していることが判明するも、 彼女は負傷しFBIに保護される。
File.7：赤と黒のクラッシュ
【コミックス 58巻 File.2 ～ 59巻 File.1】
コナン史上最長の長編エピソード。 FBIに保護されたキール（水無怜奈）を 巡り、組織とFBIが激突。 キールを組織に再潜入させるための コナンの作戦により、 赤井秀一が死亡（殉職） したかに見えた。 （※これは後に偽装死と判明）
バーボン編とラム編（現在）
File.8：漆黒の特急（ミステリートレイン）
【コミックス 78巻 File.1 ～ File.7】
組織の幹部「バーボン」の正体を 巡るエピソード。 列車内でシェリー（灰原）を 追い詰めるバーボン。 その正体が安室透であること、 そして赤井秀一に似た「傷の男」が ベルモットの変装であったこと、 沖矢昴が赤井秀一であることなどが 示唆される。
File.9：緋色シリーズ
【コミックス 84巻 File.11 ～ 85巻 File.5】
バーボン（安室透）が、 沖矢昴＝赤井秀一であると確信し、 工藤邸で対峙する。 安室透の正体が 公安警察「降谷零」であること、 そして赤井秀一が 生きていたことが （安室と読者に） 正式に明かされる。
File.10：ラムの側近たち
【コミックス 95巻～】
組織のNo.2「ラム」の正体を巡る エピソードが進行中。 コナンのクラスの副担任・若狭留美、 警視庁の管理官・黒田兵衛、 寿司屋の職人・脇田兼則の 3人が「ラム」の候補として登場。 （※後に脇田兼則がラム本人と判明） 物語は最終決戦に向けて 大きく動いています。
